Una entidad digital malvada (virus), toma posesión del sistema XANA, controladora del super ordenador, ataca al mundo virtual de Lyoko creado por Franz Hopper, un antiguo profesor de ciencias y además el padre de Aelita, quiere la dominación del mundo. Ataca el mundo verdadero activando las torres, generalmente una a la vez, que actúan como acoplamientos al mundo verdadero. El grupo tiene que virtualizarse entrando a unos escáneres en la fábrica, ayudar a Aelita a encontrar la torre activada de las más de las de cuarenta dispersadas sobre los cinco sectores de Lyoko: Hielo, Desierto, Bosque, Montañas y Cártago o sector 5, mientras que Jeremie se encarga de detectar monstruos, guiarles en el camino y ayudarles desde la fábrica. Aelita debe desactivar la torre entrando en la torre y tecleando CODE LYOKO y así poder detener el ataque de XANA contra el mundo verdadero; entonces el superordenador (a veces dependiendo de la magnitud del ataque) puede regresar en el tiempo momentos antes del ataque (este hecho lo lleva a cabo Jeremie), dejando nadie excepto el equipo Lyoko para recordar cualquiera de los acontecimientos que ocurrieron, esto es debido a que son las únicas personas que se han escaneado en los escáners. Para complicar la situación, deben hacer esto mientras se aseguran que nadie muera (porque el regresar en tiempo no puede volver a la vida a éstos), guardar en secreto sus aventuras y tratar de que nadie descubra Lyoko ni los interiores de la Fábrica, haciendo a estos jóvenes estudiantes normales y a la vez guerreros en un mundo virtual