El juego de Lego Harry Potter es similar al de la mayoría de los videojuegos anteriores de Lego, con énfasis en la recolección, exploración y resolución de puzzles. Lanzar hechizos es una parte integral de la jugabilidad, con una amplia gama de hechizos disponibles para desbloquear a medida que el jugador avanza. Como hay muchos hechizos disponibles en el juego, el jugador puede usar la rueda de hechizos para seleccionar el hechizo. La toma de pociones es otra característica integral; pociones pueden ayudar al jugador a completar los niveles o, si se crean incorrectamente, tienen efectos secundarios adversos como convertir al jugador en una rana.