Despues de obtener el poder de la unidad Guyver y destruir a los mutantes de la organizacion Kronos , Sean Barker continua su camino como Guyver pero el ya no desea seguir teniendo tal poder pues es forzado a luchar contra el mal y a matar sin contemplaciones , su busqueda del origen de la armadura lo lleva a unas ruinas arqueologicas donde unos cientificos descubrieron restos de una antigua civilizacion de otra galaxia , ahi Sean debera usar su poder para luchar una vez mas contra la organizacion Kronos e impedir que se apoderen de los secretos de la antigua civilizacion.