Para defender a los transgénicos, se compara los procesos tradicionales de cruces de plantas, que crean nuevas variedades al igual que se puede hacer en el laboratorio con los transgénicos. Pero la ingeniería genética selecciona el gen adecuado manteniendo invariable el resto y además puede mezclar varias especies totalmente diferentes (no solo las genéticamente afines). Esto es lo novedoso y polémico. Los consumidores de Europa pusieron el grito en el cielo y obligaron a una moratoria. Los científicos parecen estar divididos, unos dicen que sí están suficientemente investigados y otros dicen que no se ha podido investigar porque no se permitió su etiquetado. Unos dicen que nada es completamente seguro y que cualquier tecnología nueva no se puede saber si será perjudicial en el futuro, solo se pueden minimizar riesgos. Las empresas que ahora hacen biotecnología son las mismas que antes producían pesticidas, al acabarse el mercado de pesticidas fueron a por ésta otra opción. Ahora hacen plantas que generan sus propios pesticidas naturales, o que son inmunes a los efectos secundarios de los pesticidas de una determinada marca. El problema de la contaminación de cultivos hace difícil limitar los transgénicos, al igual que con las fugas de peces transgénicos de piscifactorías.