"Agente 47" narra la historia de un asesino de élite que ha sido genéticamente alterado para convertirse en una perfecta máquina de matar. Su objetivo es acabar con una gran corporación que planea desvelar los secretos de su organización secreta. Para ello, forma equipo con una joven. An assassin teams up with a woman to help her find her father and uncover the mysteries of her ancestry.