La trama nos deja justo donde termino el primer juego, con la caida de Orochi, todo pinta lo mas bien pero siempre hay algun sorete queriendo hacer maldades y con la ayuda de de antiguas leyendas chinas el Rey Serpiente esta a punto de revivir para volver a sembrar el terror a su paso, por lo que otra vez los heroes de la era del sengoku japones y los heroes de los tres reinos chinos va a tener que pelear codo codo contra Orochi o unirsele a el si se ve conveniente.