La historia comienza algunos años después de la conclusión de la primera parte (Prince of Persia: Las arenas de Tiempo). El príncipe ha vuelto a casa, a Babylon, para reencontrarse consigo mismo, pero una criatura sobrenatural aparece y le busca para destruirlo. Para librarse de esta criatura, se ve forzado a buscar los consejos de un místico anciano, que le predestina su muerte y le explica que sus acciones pasadas para salvar el palacio del sultán (en POP: las arenas del tiempo), crearon una grieta en la línea del tiempo, que ha posibilitado la encarnación inmortal del "sino", conocido como el Dahaka. Buscado por el Dahaka, el príncipe emprende una trayectoria sangrienta y repleta de misterio, para desafiar a su destino. Pronto se da cuenta de que sólo hay una manera de permanecer vivo, viajar al lugar de nacimiento de las arenas de el tiempo, para encontrar una forma de regresar al pasado y evitar que sucedan los acontecimientos de la anterior parte. De esta forma el Dahaka desaparecerá. Pero su viaje lo conduce a la base infernal de una plaza fuerte maldecida, dentro de una isla que abriga los miedos más grandes de la humanidad.¿Será capaz nuestro príncipe de evitar su propia muerte y deshacerse del Dahaka?...