La historia de Nanobreaker nos sitúa en un futuro alternativo, y nos introduce en una isla remota donde los gurús de todas las disciplinas científicas llevan 20 años trabajando en la nanotecnología: robots microscópicos que, en teoría, deberían hacernos la vida más sencilla y cómoda. La utopía alcanzable acaba truncándose cuando el gran ordenador que hace las veces de cerebro de todas las operaciones de la isla se vuelve majareta y empieza a utilizar la nanotecnología para invadir los cuerpos de los hombres y algunos objetos inertes convirtiendo la isla en una gran base repleta de cyborgs sedientos de sangre que, por supuesto, amenazan al mundo entero. Seremos nosotros los encargados de resolver este entuerto.